第二版在前一版的基础上增加了适合新人阅读的新章节，以及更详细的章节，包括蛋白质的稳定性和储存、避免色谱过程中的蛋白质分解、包括免疫qPCR在内的蛋白质定量方法，以及生产规模扩大给研究者带来的挑战。许多章节还讨论了重组蛋白的生成和纯化、重组抗体的生产，以及蛋白质的标记，作为提高其溶解度和简化其在单个规模或高通量系统中纯化的一种手段。本书还为读者提供了一些章节，这些章节不仅描述了更常用的方法，还描述了最近开发的方法，如蛋白质组学/质谱技术和基于Lectin的亲和色谱法。本书采用非常成功的《分子生物学方法》系列格式编写，各章包括各自主题的介绍、必要的材料和试剂清单、逐步进行的、易于复制的实验室方案，以及排除故障和避免已知陷阱的提示。